Для демонстрации поведения набросал простой скрипт:

<?php

if (!empty($_FILES)) {
    $path = '/var/tmp/php_test_files/';
    @mkdir($path, 0777, true);

    $move = $_FILES['move'];
    $rename = $_FILES['rename'];
    $copy = $_FILES['copy'];

    if (move_uploaded_file($move['tmp_name'], $path . 'move')) {
        echo "move: ok\n";
    } else {
        echo 'move error: ' . $move['tmp_name'] . ', ' . $path . 'move' . "\n";
    }

    if (rename($rename['tmp_name'], $path . 'rename')) {
        echo "rename: ok\n";
    } else {
        echo 'rename error: ' . $rename['tmp_name'] . ', ' . $path . 'rename' . "\n";
    }

    if (copy($copy['tmp_name'], $path . 'copy')) {
        echo "copy: ok\n";
    } else {
        echo 'copy error: ' . $copy['tmp_name'] . ', ' . $path . 'copy' . "\n";
    }
}
?>
<form method="POST" enctype="multipart/form-data">
    <input type="file" name="move"> MOVE<br>
    <input type="file" name="rename"> RENAME<br>
    <input type="file" name="copy"> COPY<br>
    <input type="submit">
</form>

Пользователь, от которого запущен PHP FPM на сервере — phpfpmuser. Он состоит в группе www.

$ ls -l /var/tmp/php_test_files
-rw-r--r--  1 php_fpm_user  root   6727 Jul 17 09:37 copy
-rw-r--r--  1 php_fpm_user  www    6727 Jul 17 09:37 move
-rw-------  1 php_fpm_user  www    6727 Jul 17 09:37 rename

Таким образом:

• copy меняет группу, но не меняет права.
• move_uploaded_file не меняет ни прав, ни группу.
• rename меняет права, но не меняет группу.

Данное поведение считаю весьма необычным.